Η πόλη των Μουδανιών της Προποντίδας είναι κτισμένη στη θέση της αρχαίας Μύρλειας (ή Μυρλέας), αποικίας της Κολοφώνος (7Ο αι. π.Χ), που ήταν μια από τις σημαντικότερες και αρχαιότερες ελληνικές πόλεις της Ιωνίας. Στις αρχές του 3ου αι. π.Χ., η Μύρλεια καταλήφθηκε και καταστράφηκε από τον Προυσία, βασιλιά της Βιθυνίας και από τον Φίλιππο Β΄, κατά τη διάρκεια του πολέμου ενάντια στον βασιλιά της Περγάμου. Ο Φίλιππος παραχώρησε την περιοχή στον γαμπρό του Πνίσα, ο οποίος ίδρυσε μια νέα πόλη στη θέση της Μυρλέας και την ονόμασε «Απάμεια», από το όνομα της κόρης του Φιλίππου, Απάμης. Η Απάμεια ήταν η πρώτη ρωμαϊκή αποικία στην Ανατολία κατά τη ρωμαϊκή εποχή και μετατράπηκε σε στρατιωτική βάση από τον Ρωμαίο αυτοκράτορα Αύγουστο, οπότε και έγινε ρωμαϊκή αποικία με το όνομα «Colonia Julia Concordia Augusta Apameia», αφού για κάποιο μικρό διάστημα λεγόταν και «Ιουλία».
Κατά τη διάρκεια της Τέταρτης Σταυροφορίας, και της κατάκτησης της Κωνσταντινούπολης το 1204, οι σταυροφόροι ανέλαβαν τον έλεγχο των ακτών του Μαρμαρά και των περιχώρων των Μουδανιών και ήταν αυτοί που ονόμασαν την πόλη «Μοντανέα» ή «Μοντανιάκ» πιθανώς από τη λατινική λέξη «mons» που σημαίνει «βουνό», απ’ όπου προφανώς, προέρχεται και το σύγχρονο όνομά της.
Μετά τη διάσπαση της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας το 395, η Απάμεια περιήλθε στην Ανατολική Ρωμαϊκή (Βυζαντινή) Αυτοκρατορία μέχρι την κατάκτησή της από τους Οθωμανούς το 1321. Από τον 19ο αιώνα, τα Μουδανιά έγιναν το λιμάνι εξαγωγής ακατέργαστου μεταξιού της Προύσας και της γύρω περιοχής, όντας το επίνειο της Προύσας με την οποία συνδέεται και σιδηροδρομικά από το 1873-1874. Αυτή η δραστηριότητα έφερε πλούτο και φήμη στην πόλη.
Στη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου η περιοχή των Μουδανιών – Προύσας πέρασε στα χέρια των Βρετανών και τα μετέπειτα δύο χρόνια στα χέρια των Ελλήνων, που την έχασαν μετά τη Μικρασιατική καταστροφή. Στην πόλη μάλιστα υπογράφτηκε στις 28 Σεπτεμβρίου/11 Οκτωβρίου 1922 από τους αντιπροσώπους των Μεγάλων Δυνάμεων και της Τουρκίας η Ανακωχή των Μουδανιών. Σύμφωνα με τους όρους της Ανακωχής, οι Έλληνες θα εγκατέλειπαν στην Ανατολική Θράκη και θα αποσύρονταν δυτικά του ποταμού Έβρου.
Η Μικρασιατική Καταστροφή όπως ήταν επόμενο, έσπειρε τους κατοίκους των Μουδανιών στα πέρατα της γης. Εγκαταλείποντας την πατρίδα κάτω από τραγικές συνθήκες αποβιβάστηκαν από το λιμάνι της Κωνσταντινούπολης προς κάθε κατεύθυνση. Εγκαταστάθηκαν κυρίως στην Αθήνα, τη Θεσσαλονίκη, το Βόλο και την Καβάλα.
Τα Νέα Μουδανιά κτίστηκαν από πρόσφυγες της Μικράς Ασίας, έπειτα από τη Συνθήκη της Λωζάνης στη θέση του παλιού οικισμού (Άγιος Μάμας), που καταστράφηκε κατά την επανάσταση του 1821. Το 1924, 200 περίπου οικογένειες από Μουδανιά, Κουρί, Ελιγμούς, Πελαδάρι, Συγή, Καλόλιμνο, Μπάλια, έγιναν οι πρώτοι κάτοικοι των Νέων Μουδανιών, που τότε ονομαζόταν Καργί Λιμάνι (που σημαίνει «απάνεμο λιμάνι»). Οι πρόσφυγες που εγκαταστάθηκαν στο Καργί Λιμάνι, δημιούργησαν έναν αμιγή προσφυγικό οικισμό ο οποίος μέχρι το 1925 ανήκε διοικητικά στην Κοινότητα Πορταριάς. Λίγα χρόνια αργότερα, αποσπάστηκε και αποτέλεσε χωριστή κοινότητα με την ονομασία Νέα Μουδανιά, εις ανάμνησιν της γενέθλιας γης. Η επιλογή του τόπου από τους Μουδανιώτες, που γνώριζαν την καλλιέργεια της ελιάς αλλά και την αλιεία, έγινε με βάση έναν απέραντο ελαιώνα έξω από τον αστικό ιστό, που αντίκρισαν οι ξεριζωμένοι, πλέοντας στα παράλια της Χαλκιδικής. Οι νέοι κάτοικοι γρήγορα κατάφεραν να μετατρέψουν τον πόνο σε δημιουργία και κατάφεραν αντιμετωπίζοντας μύριες δυσκολίες (φτώχεια, αρρώστιες, κυρίως την ελονοσία λόγω των ελών της περιοχής, ψυχική κατάρρευση) να ριζώσουν στο νέο τόπο κρατώντας ζωντανά τα ήθη και τα έθιμά τους και την Παναγία την Κορυφινή «την εκ Καλολίμνου» να εποπτεύει από ψηλά τους προστατευόμενους ενορίτες.
Σήμερα τα Νέα Μουδανιά είναι μια από τις πιο ακμάζουσες κοινότητες της Νότιας Χαλκιδικής.